El Gobierno Regional de Atacama tiene como Misión el fomentar, velar y promover el desarrollo económico, social y cultural de la región mediante la formulación y ejecución del presupuesto de inversión regional, la generación de políticas y sistemas de evaluación de la gestión pública, orientados a mejorar la calidad de vida de los habitantes de la Región de Atacama.

Su funcionamiento está regulado por la Ley Orgánica Constitucional Nº 19.175 de Gobierno y Administración Regional.

1.- Elaborar y aprobar las políticas, planes y programas de desarrollo de la región, así como su proyecto de presupuesto, los que deberán ajustarse a la política nacional de desarrollo y al presupuesto nacional.

2.- Someter al Consejo Regional los planes y estrategias regionales de desarrollo y sus modificaciones, así como propender a su ejecución.

3.- Proponer al Consejo Regional la distribución de los recursos del Fondo Nacional de Desarrollo Regional que correspondan a la región, así como de las inversiones sectoriales de asignación regional, y de los recursos propios que el gobierno regional obtenga.

4.- Proponer al Consejo Regional la celebración de los Convenios de Programación.

5.- Proponer al Consejo Regional los proyectos de reglamentos regionales que regulen materias propias de la competencia del Gobierno Regional.

6.- Representar judicial y extrajudicialmente al Gobierno Regional, pudiendo ejecutar los actos y celebrar los contratos de su competencia o los que le encomiende el Consejo.

7.- Nombrar y remover a los funcionarios que la ley determine como de su confianza.

8.- Coordinar, supervigilar o fiscalizar, según corresponda, a los servicios públicos creados por ley para el cumplimiento de las funciones administrativas que operen en la región.

9.- Promulgar los planes reguladores comunales e intercomunales, de acuerdo a las normas sustantivas de la Ley General de Urbanismo y Construcciones, previo acuerdo del Consejo Regional.

10.- Adoptar las medidas necesarias, en conformidad a la ley, para enfrentar situaciones de emergencia o catástrofe y desarrollar medidas de prevención y protección ante situaciones de desastre.

Sus principales funciones son:

1.- Resolver, sobre la base de la proposición de la Intendenta, la distribución de los recursos del Fondo Nacional de Desarrollo Regional que correspondan a la región, así como de las inversiones sectoriales de asignación regional, y de los recursos propios que el gobierno regional obtenga.

2.- Aprobar los Convenios de Programación que el Gobierno Regional celebre.

3.- Aprobar el reglamento que regule su funcionamiento, en el que se podrá contemplar la existencia de diversas comisiones de trabajo.

4.- Fiscalizar el desempeño del Intendente Regional, en su calidad de presidente del Consejo y de órgano ejecutivo del mismo, como también el de las unidades que de ella dependan, pudiendo requerir de la Intendenta la información necesaria al respecto.

5.- Aprobar los planes reguladores comunales e intercomunales, de acuerdo a las normas sustantivas de la Ley General de Urbanismo y Construcciones.